2023年10月に本格スタートした「インボイス制度（適格請求書等保存方式）」。制度開始に伴い、免税事業者から課税事業者に転換した個人事業主の方や、取引先とのインボイス対応に追われた方も多いのではないでしょうか。

インボイス制度の導入にあたっては負担軽減のための「特例措置」が設けられていましたが、2026年9月30日をもって初期の経過措置（2割特例など）が大きな節目を迎えます。

「2割特例が終わったら納税額はどうなる？」「免税事業者からの仕入れの計算方法は変わる？」といった不安を解消するため、本記事では個人事業主が今すぐ確認しておくべき変更点と、今後の経理実務における対策をわかりやすく解説します。

制度開始にあたり、小規模事業者やフリーランスの適格請求書発行事業者に移行するための経過措置として、主に以下の特例が設けられていました。それぞれの適用期限を再確認しておきましょう。

• 2割特例：免税事業者から課税事業者になった事業者の消費税の納付額を、売上税額（課税売上により預かった消費税額）の2割に軽減する措置（個人：2026年分確定申告まで、法人：2026年9月30日までに終了する事業年度の確定申告まで）

• 仕入税額控除の経過措置（80%控除）：免税事業者からの仕入れでも一定割合を控除できる措置（80%控除は2026年9月30日までの仕入分）

• 少額特例：税込1万円未満の課税仕入れについてインボイス保存を不要とする措置（2029年9月30日までの仕入）

特に「2割特例」と「80%控除」は2026年9月末に大きな切り替わりを迎えるため、早めの準備が必要です。

①「2割特例」終了後の選択肢（個人事業主向け「3割特例」の新設）

2割特例が終了すると、消費税の計算方法を「本則課税」または「簡易課税」に切り替える必要があります。

ただし、税制改正により個人事業主を対象とした「3割特例（売上税額の3割を納税額とする措置）」が一定期間講じられることとなりました。

区分	納付税額の計算イメージ	準備・手続き
2割特例(旧制度）	売上税額×20%	事前届出不要(確定申告時に選択) 仕入れのインボイスは不要
3割特例 (個人：令和9年申告分より)	売上税額×30%	個人事業主対象(法人は対象外)、 事前届出不要(確定申告時に選択) 仕入れのインボイスは不要
簡易課税	売上税額×(100%-みなし仕入率)	事前届出が必要(原則適用課税期間の前日まで) 仕入れのインボイスは不要
本則課税	売上税額－仕入税額	インボイスの厳密な管理が必要

簡易課税を適用するための届出については、2割特例や3割特例の適用を受けた事業者については、特例により、その適用を受けた課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限までに提出すれば良いこととなっています(附則51の2⑥、51の3⑤)。
例：令和8年に2割特例の適用を受けた事業者が令和9年は簡易課税を適用したい場合
→令和9年分の消費税の確定申告書の提出期限(令和10年3月31日まで)

サービス業やIT系フリーランスなど「経費が少なくみなし仕入率が低い業種」の場合は、簡易課税よりも「3割特例」や「本則課税」の方が有利になるケースがあります。自身の経費率をあらかじめ試算しておきましょう。

② 免税事業者からの仕入れ・外注費の控除割合の見直し

 

外注先や取引先に「免税事業者または適格請求書発行事業者の登録を行っていない事業者」がいる場合、経過措置として支払った消費税の一定割合を控除できます。この控除率が段階的に引き下げられます。

• 2026年9月30日まで：仕入税額の 80% 控除

• 2026年10月1日〜2028年9月30日：仕入税額の 70% 控除

• 2028年10月1日〜2030年9月30日：仕入税額の 50% 控除

控除率が下がると、その分自社の負担（実質的なコスト増）が増えることになります。取引先が適格請求書発行事業者かどうかの確認や、取引条件の見直し交渉が必要になる場合があります。

③ 請求書の記載漏れ・電子帳簿保存法との連携

取引先から受け取るインボイスに「登録番号」「適用税率」「消費税額」が正しく記載されているかどうかのチェックは引き続き必須です。

また、メールやPDFで受け取った請求書・領収書は「電子帳簿保存法」に基づき、電子データのまま保存する義務があります。インボイスの確認作業と電子保存のルールをセットで運用化することが大切です。

制度や税率の切り替えを手作業で行うと、記帳ミスや計算漏れの原因になります。自社が自計化済みで会計ソフトを利用している場合は、以下の点に注意しましょう。

1. 会計ソフトの最新版へのアップデート

   古い会計ソフトのままですと、70%控除に対応していない可能性が高いです。
   10月1日以降の仕訳を入力する前に、今使っている会計ソフトが最新のものであるか確認しましょう。
   もし最新でない場合は、忘れずにアップデートを行い、税率の設定で70%控除が選択できる事を確認しましょう

2. 各科目への税区分の設定の確認

   補助科目などで、全額控除(インボイスがある通常の仕入れ)と70%控除(インボイスなし)を分けている場合は、税率の設定を確認して、70%控除の税率設定が自動で入るように見直しましょう

インボイス制度の経過措置変更に伴い、個人事業主には「納税額の増加」や「税区分管理の手間」という影響が予想されます。

1. 令和9年中に自身の課税方式（3割特例・簡易課税・本則課税）の試算を行う

2. 簡易課税を選ぶ場合は、期限までに届出書を提出する

3. 免税事業者との取引コストや会計ソフトの設定を見直す

直前で慌てないよう、今から資金計画と経理環境の整備を進めていきましょう。

※本記事は執筆時における一般的な情報を掲載しています。具体的な税額試算や課税方式の選択につきましては、税務署または税理士等の専門家にご相談ください。